1980年至1991年,钱学森先后担任中国科学技术协会副主席、主席,1991年5月担任中国科学技术协会名誉主席。其间,他积极践行科学技术是第一生产力的战略思想,开创、推动面向企业的“讲理想、比贡献”竞赛活动,引导企业科技工作者把振兴中华的理想与企业发展目标和个人理想有机结合起来,促进群众性技术创新活动蓬勃开展;积极推动科技兴农活动,倡导发展沙草产业,支持开展多种形式的送科技下乡活动,帮助农民依靠科学技术脱贫致富;倡议设立“中国科协青年科技奖”(1994年更名为“中国青年科技奖”),促进优秀青年科技人才脱颖而出,培养造就了一批优秀的青年学术和技术带头人;他主持成立中国科学技术讲学团,倡导学科交叉融合,促进自然科学与社会科学联盟,支持编纂出版《中国科学技术专家传略》,充分发挥科协组织在社会主义精神文明建设中的重要作用。他高度重视科协工作的理论研究,推动理顺科协管理体制,加强科协工作制度化规范化建设,为发挥好科协组织横向联系广泛、组织网络健全的独特优势,促进科学技术的繁荣发展和普及推广、促进科技人才的成长和提高,作出了突出贡献。他始终不辍耕耘,科学思想活跃,驰骋在自然科学领域,同时对社会科学研究也投入了很大精力。他深入学习和研究马克思主义哲学,并用以指导研究工作,在自然科学与社会科学的结合点上,诸如系统工程与系统科学、思维科学、科学技术体系与马克思主义哲学等研究领域,作出了许多开创性贡献。