2008年，钱永健和美籍日裔科学家下村修、美国科学家马丁·查尔菲因发现和应用绿色荧光蛋白而共同获得了当年的诺贝尔化学奖。对此，钱学森非常高兴，并向他表示热烈祝贺。

钱永健现在还是美国霍华德休斯医学研究所（Howard Hughes Medical Institute）的研究员。由于自己的父亲就因罹患癌症去世，他对于荧光蛋白是否可以用在神经生物学以及癌症攻克方面有特别的兴趣。

虽然钱永健在荧光蛋白的研究领域已有了革命性贡献，但他已计划把这类工作留给他的同事，而把更多时间和精力用在人体状况的研究方面，包括攻克癌症、动脉粥样硬化以及中风之类疾病。