1988年,钱永佑赴斯坦福大学医学院创立了斯坦福大学分子和细胞生理学系,并担任系主任至1994年,同时一直兼任乔治·D·史密斯(George D. Smith)讲座教授;1991年至2001年间,任美国国立西尔维奥·康特-精神卫生中心(Silvio Conte - National Institute of Mental Health)神经科学研究主任;2000年至2011年,任斯坦福大学脑科学研究中心共同主任。
1987年至1988年,钱永佑担任普通生理学会(Society of General Physiologists)主席。钱永佑也是美国国家科学院神经生物学分会的主席。1994年,钱永佑被选为美国医学学院(United States Institute of Medicine)院士。1996年,当选台湾中央研究院第21届院士。1997年,当选为美国国家科学院院士。1998年,当选美国文理科学院院士。1999年,当选国际生物物理学会(Biophysical Society)会章委员(Charter)。
钱永佑现为纽约大学朗格尼医学中心神经科学研究所实验室主任。他对细胞钙离子通道颇有研究,在细胞信号转导领域也很有建树。钱永佑的研究有助于人们理解神经细胞突触末端的长期可塑性。